На неизвестной планете местные жители видят в поле яркую вспышку. Они бегут в ее направлении и обнаруживают голого человека. Мы узнаем Дэниела, но сам он этого не помнит - память потерял. Наверное, отъем воспоминаний - одна их составляющих наказания Древних за нарушение их закона.

На базе Звездных врат Джонас работает над расшифровкой каменной скрижали с Абидоса. Ему в голову приходит идея, что там речь идет не о потерянном городе, а о городе потерянных, городе, в котором эпидемия началась (ep.622-Full Circle). Он делает предположение, что в списке адресов, который получил О'Нилл, когда ему в мозг была загружена база данных Древних (ep.215-The Fifth Race), должен быть последним.

SG-1 отправляются на планету города потерянных. Они находят там руины недостроенного города и поселение кочевников из другого мира. Неожиданно среди них обнаруживается Дэниел. SG-1 долго пробовали напомнить ему о себе, но Джексон настолько оказался закрытым в себе из-за потери памяти, что никого не хотел слушать. С огромным трудом им удалось уговорить его вернуться на Землю.

На базе врат Дэниел случайно нашел фотографию своей жены Шарэ. Когда Тил'к сказал ему, что она погибла, Джексон начал постепенно все вспоминать. (Тут делается предположение, что очистку памяти производила Ома Десала, и она снова нарушила закон, оставив Дэниелу возможность для восстановления.) Кроме того, оказалось, что у Джексона сохранилась возможность читать язык Древних. Он объяснил, что Джонас все равно ошибся: речь идет не о той планете, не о городе потерянных, а именно о потерянном городе. Только никто его на самом деле не терял - просто хорошо спрятали.

Команда Звездных врат решают воспользоваться городом потерянных как приманкой для Анубиса. Ток'ра подбрасывают ему фальшивую скрижаль и Анубис прибывает на планету, где его и ждут Земляне.

Ток'ра снабжают SG-1 каким-то новым изотопом, который помогает им скрываться от датчиков Гуа'улдов. Дэниел и Джонас отправляются на диверсию внутрь корабля Анубиса, а Саманта и Джек - снаружи, на F-302 (корабль, построенный по технологиям Гуа'улдов), в ожидании, когда лазутчики смогут максимально ослабить новое оружие Анубиса, чтобы уничтожить его.

Тил'к отправляется на встречу к лорду Ю, чтобы предложить ему совместную операцию против Анубиса. Ю соглашается, но потом арестовывает Тил'ка. Тил'к разговаривает с главнокомандующим Ю, выясняя, что в последнее время Ю очень болен на голову, постоянно совершает неадекватные действия, забывает принятые решения, часто пользуется саркофагом - он уже очень стар.

Совместными усилиями SG-1 уничтожают новое оружие Анубиса. Но Джонас оказывается пленен. Он обещает ничего не говорить Анубису, но тот снова достает устройство, загружающее содержимое мозга сразу в компьютер. Так Анубис узнает о наличии накуадрии на планете Джонаса и через некоторое время показывает ему, что корабль уже завис над поверхностью его родной планеты.