Совершенно неожиданно на связь с Атлантисом вышел Тодд, которого уже никто не ожидал увидеть живым. Однако его лечение жуком Иратуса прошло успешно, и он снова включился в пегасские интриги. И поскольку одна из них закончилась предательством члена его экипажа, ему снова потребовалась помощь атлантийцев. Они были удивлены, что ради этого Тодд готов добровольно сдаться, и потому согласились его выслушать. История началась издалека. Оказалось, что у репликаторов Тодд смог раздобыть несколько больше МНТ, чем заявлял раньше. И потому не все они были уничтожены вместе с комплексом по клонированию (см. 412 – Spoils of War). Целый год ученые Тодда работали над адаптацией МНТ к своим органическим кораблям, и вот, когда один из них добился успеха, он предал предводителя и захватил улей. Тодд предложил атлантийцам помочь ему отомстить обидчику, причем действовать нужно было быстро, пока улей перестраивается под МНТ, и его мощь не достигла максимума.

Земляне, конечно, сразу же начали подозревать, что Рейф пытается заманить их в ловушку, но слишком уж опасен мог стать улей с МНТ, чтобы не рискнуть. Команда Шеппарда телепортировалась на Дедал, и полковник Колдвелл доставил их в указанные Тоддом координаты. Для разведки Джон сотоварищи отправился к улью на джампере. Стало понятно, что улей активно растет, используя МНТ, и при этом его оболочка становится все толще, и весьма скоро должна стать непробиваемой. Помимо этого оказалось, что радары улья увеличили чувствительность – они засекли джапмер под маскировкой, и по нему открыли огонь. Дедал попытался вмешаться, но несколькими снарядами его асгардский щит был пробит, и Рейфам уже ничего не мешало уничтожить корабль землян. Тем не менее, они неожиданно открыли гиперпространственное окно и покинули поле боя. Долго недоумевать по этому поводу не пришлось – Каванах (который теперь распределился на Дедал, видимо, ради финальной серии) как раз следил за сенсорами и засек слабый сигнал за несколько мгновений до того, как Рейфы ушли в гиперпространстве. В этом сигнале Родни без труда узнал код врага, а по остаточной радиации сразу же понял, что сигнал пришел из другой реальности. После расшифровки стало ясно, что сообщение содержит координаты Земли...

Поскольку от использования МНТ гиперпространственная технология Рейфов не изменилась, и им все еще требовалось периодически выходить из гиперпространства, другие свободные земные корабли, Аполлон и Сунь-Цзы, попробовали перехватить улей. Эта встреча закончилась плачевно, Рейфы продолжили свой путь к Земле. Других кораблей для защиты родной планеты у людей уже не было. И тогда МакКей с Шеппардом одновременно вспомнили, что Атлантис тоже корабль. Джону удалось убедить Тодда отдать оставшиеся МНТ, т.к. жажда мести предателю у него оказалась настолько сильна, что он согласился без всяких условий. Команда Лорна оперативно доставила модули в город, и началась подготовка к взлету. Для управления полетом с Земли был прислан доктор Бекетт (он вдруг с какого-то перепуга оказался вторым после Шеппарда по навыкам управления), а Шеппарда отозвали в Шайенский комплекс, чтобы управлять антарктическим Креслом, если Рейфы доберутся быстрее.

И, на самом деле, улей уже был на орбите Луны, когда Джон прошел через врата. Генерал Лендри временно оставил командование комплекса на Картер, что отсрочило ее назначение капитаном нового земного корабля, названного в честь генерала Хеммонда, который недавно умер от инфаркта. (Думаю, можно не пояснять, что это так изящно была вписана в сценарий кончина Дона Дэвиса.) Поэтому Джон снова попал под командование Саманты. Он рвался отправиться в Антарктиду, но все оказалось не так просто. Пока улей заканчивал адаптацию, земляне решили не ждать, и атаковать F-302ми с ядерными боеголовками на борту. Но не успели они закончить погрузку, как Рейфы тоже выпустили Стрелы, причем явно в направлении Зоны 51. Оставалось предположить, что в той реальности, откуда пришло сообщение с координатами, Кресло находилось именно там. Но самое печальное, что из-за международных договоров в нашей реальности Кресло нельзя было использовать в Антарктиде, поэтому совсем недавно его тоже перевезли в Зону 51. Чтобы защитить единственное оружие, Шеппард возглавил эскадрилью F-302. Но бой сложился неудачно – несколько камикадзе-рейфов врезались в наземные комплексы Зоны 51, и Кресло было уничтожено. Тогда Джон решил доставить боеголовку внутрь улья, чтобы изнутри уничтожить его. Поскольку других вариантов у Земли не было, Картер пришлось согласиться на это самоубийство.

Тем временем Атлантис благополучно покинул Новую Лантию и вышел в гиперпространство. Вулси предложил Тейле и Ронону остаться в родной галактике, но они решили не бросать товарищей. (А Тейла просто в очередной раз «забыла», что у нее там где-то грудной ребенок остался с папочкой.) Однако на границе Млечного Пути гипердвигатели города отказали. МакКей и Зеленка приступили к выяснению причин и попытались сообщить о проблемах на Землю. Они перенастроили врата на новые координаты и открыли червоточину в КЦЗВ. На радиосигнал никто не отвечал. Показания приборов утверждали, что врата на другом конце червоточины находятся внутри улья. Родни предположил, что это Рейфы таким способом заблокировали земные врата – пегасские врата почему-то всегда доминируют над вратами млечки, и земляне обнаружили это еще во время строительства межгалактического моста. (Откуда об этом узнали Рейфы – осталось за кадром.)

Поскольку было совершенно непонятно, удастся ли починить гипердвигатель, атлантийцы решили пройти через червоточину и устроить диверсию. На задание отправились команда Лорна, Тейла, Ронон и МакКей. (Какого фига туда послали Родни, когда он должен был бы заниматься двигателем – это большая загадка.) Было решено пробраться к МНТ и просто уничтожить его. Естественно, пробиваться пришлось с боем, многие погибли, включая Декса. Но добраться до МНТ ребята все равно не смогли. Совершенно неожиданно они услышали переговоры Картер с Шеппардом, который уже проник внутрь корабля. Улей покинул орбиту Луны и готовился начать нападение на Землю – Джон должен был немедленно детонировать боеголовку. Услышав о такой перспективе, Родни вмешался в эти переговоры и попросил Шеппарда не спешить. Джон был очень удивлен такой встрече, но сразу же начал интересоваться, где Ронон. И даже чуть слезу не пустил, когда Тейла сообщила, что он погиб. Тем не менее, нужно было действовать, и МакКей быстро сконструировал дистанционный детонатор для бомбы. Оставалось только добраться до врат и перенастроить их для отступления. По пути ребята неожиданно наткнулись на Рейфов, которые как раз пытались допросить Ронона, специально для этой цели оживленного (вот так испортили лучший момент серии – смерть Декса). Его, конечно же, удалось отбить, но тут Картер сообщила, что времени для возвращения к вратам просто нет – улей уже на орбите Земли...

В это время на Атлантисе Зеленка сообщил, что есть возможность обойтись без гипердвигателя. Оказалось, что Родни когда-то работал над червоточным двигателем, который мог доставить город к Земле за пару секунд. Проблема была только в том, что двигатель работал опасно неустойчиво и требовал дикое количество энергии. Тем не менее, другого выбора не было, и Вулси решил пойти на риск.

Как раз в то мгновение, когда Шеппард собирался сдетонировать боеголовку, перед ульем появился Атлантис и вступил в перестрелку. Щит города постепенно уступал, но это все равно дало диверсантам время, чтобы добраться к вратам. Когда преимущество грозило окончательно перейти на сторону Рейфов, план Шеппарда-МакКея все-таки удалось реализовать, и улей был взорван изнутри.

Но тут появилась новая проблема – во время боя Бекетт не смог удержать Атлантис на орбите, и теперь уже у него просто не было энергии, чтобы предотвратить вход в атмосферу. Оставалось только надеяться, что щит не откажет слишком рано, и можно будет успеть подобрать место для приводнения. Связь КЦЗ с городом временно пропала, только коммерческие суда в Тихом океане сообщали об огромном светящемся шаре в небе. Когда Саманта уже успела отчаяться, атлантийцы все-таки смогли выйти на связь и снова появились на радарах. Стало известно место их посадки.

В самом финале Джона ждало еще одно разочарование: он пришел навестить Ронона в медчасти, но тот предпочел общению с товарищем прогулку с сержантом Бенкс, которая все-таки пленила его своими навыками в боевых искусствах. Так все атлантийцы (включая теперь уже две парочки) собрались на одном из балконов города, с которого теперь можно было полюбоваться мостом Золотые Ворота в Сан-Франциско. Любуясь американской достопримечательностью, они старались не думать, вернутся ли когда-нибудь в Пегас...