На радарах Атлантиса появился улей рейфов, быстро приближающийся к городу в гиперпространстве. Атлантис мгновенно перешел в боевую готовность: щит был включен в режиме маскировки (в надежде, что Рейфы точно не уверены, что город именно на этой планете), а Шеппард занял место в Кресле. Однако улей выпрыгнул из гиперпространства и остановился. Через некоторое время на Атлантис пришло закодированное видеопослание – но просмотреть его толком не удалось, потому что файл оказался испорченным. Определенно понять удалось немногое: улей принадлежит Тодду, и он просит о помощи. Тем не менее, было решено на связь не выходит, не просить выслать неиспорченный файл – местоположение города выдавать все равно было опасно, зная любовь Рейфов к обманам. Команда Шеппарда отправилась к улью на джампере, чтобы оттуда вести переговоры.

Но на вызов улей не ответил. Было решено проверить обстановку на месте, поэтому джампер залетел в ангар Стрел. Улей был совершенно пуст. Добравшись до командной рубки, МакКей приступил к изучению систем корабля. Довольно быстро удалось обнаружить полную версию видеопослания, из которой стало известно, что во время последней стычки (см. 510 – First Contact & 511 – The Lost Tribe) Тодд раздобыл образец нового ретровируса Келлер, который должен был избавить рейфов от необходимости кормиться и помог бы перейти на обычную пищу. Рейф решил все-таки испытать его на своей команде. Сначала все шло хорошо, питательные щели на руках затянулись. Но потом весь экипаж поразила какая-то болезнь, а способность к самоисцелению не смогла с ней справиться. Тогда в качестве последней надежды Тодд погрузил свой улей в спячку и направил его к Атлантису.

Когда полученную информацию сообщили Вулси, он решил все-таки не уничтожать улей, а попробовать помочь ему. В любом случае, землянам это было выгодно: если болезнь удалось бы вылечить, Тодд посодействовал бы распространению ретровируса среди других ульев; а уж если бы не удалось, ретровирус превратился бы в оружие. Во вторую вылазку на корабль к команде Шеппарда присоединилась Келлер, команда Лорна и дополнительные морпехи.

Пока Дженнифер приступила к изучению медданных, а Родни продолжил копание в главном компьютере улья, военный контингент осматривал сам корабль. Первые нехорошие предчувствия у них появились, когда оказалось, что электронные карты не слишком соответствуют реальному расположению коридоров, а один из морпехов сообщил, что видит двигающуюся стену, а потом контакт прервался. Чуть позже этого парня нашли мертвым – его явно кто-то пытался сгрызть. Тогда МакКею удалось выяснить, что странные колебания энергии, которые сразу его заинтересовали, привели к тому, что некоторые камеры стазиса самопроизвольно открываются и выпускают спящих. Как раз параллельно с этим один из воинов-рейфов напал на Шеппарда и, естественно, был подстрелен...

В таких обстоятельствах было решено, что с корабля лучше убраться, несмотря на возражения Келлер. Однако на обратном пути оказалось, что коридоры улья как-то странно изменились. Последней каплей стала просто гигантская дыра посреди корабля. Путь к ангару стрел был отрезан. Стало ясно, что неполадки в корабле не ограничиваются только системой энергообеспечения. Коммуникации тоже уже отказали, поэтому не осталось даже возможности вызвать помощь с Атлантиса. Оставалось только одно – разбудить Тодда.

Рейф правдоподобно удивился, что атлантийцы решили прийти на помощь, и, несмотря на плохое состояние, приступил к работе. Первым его предположением было, что это Родни что-то натворил с системами корабля, но когда его уверили, что неполадки были заметны сразу, как только люди ступили на борт, Тодд понял настоящую причину. Улей имеет органическую природу, и когда Рейфы находятся в спячке, они непрерывно обмениваются с кораблем жидкостями. Похоже, улей из-за этого тоже заразился. Найти лекарство для Рейфов и их корабля за несколько дней было явно невозможно, потому что Келлер на тот момент удалось только выяснить, что болезнь напоминает рак, и больше никаких подробностей. Поэтому встал вопрос о придумывании другого выхода.

Родни нашел способ заблокировать открытие коконов во время скачков напряжения, но к этому времени уже очень много Рейфов успели выйти из спячки. Морпехи отправились отстреливать их. Тем временем Тодд вспомнил, что тысячи лет назад, когда у Рейфов не было способности к самоисцелению, для смертельно больных практиковался один очень опасный способ: жуку Иратуса давали питаться больным, большинство после этого умирали, но некоторые выживали и исцелялись. Тодд начал настаивать, чтобы атлантийцы доставили его экипаж на ближайшую планету с жуками. Шеппард заявил, что корабль просто не выдержит полета в гиперпространстве, поэтому этот вариант не рассматривается. Разозлившись, что Джон просто не хочет, чтобы Рейфы выжили и вернули себе питательные щели, Тодд отказался дальше сотрудничать.

Чуть позже стало ясно, что перепланировка корабля выходит за пределы внутренних коридоров – целостность улья грозила очень быстро нарушиться. Мгновение спустя после того, как морпехи вернулись к командной рубке, корабль просто развалился пополам, и передняя половина начала снижение на Новую Лантию. Скорость падения была огромной, а Родни даже не успел разобраться, где запускаются хоть какие-нибудь уцелевшие двигатели. Шеппарду снова пришлось просить Тодда о помощи, взамен пообещав отправить его на планету с жуками.

Рейф включился в работу, запустил передние двигатели, и половинка корабля относительно удачно приводнилась. Спасательные джамперы Атлантиса успели эвакуировать всех выживших как раз перед тем, как улей пошел ко дну. Некоторое время Келлер пыталась вылечить Тодда, но попытки были безуспешны. Тогда Вулси разрешил Шеппарду сдержать его обещание.