Дженаи пытались загладить вину за попытку убить Шеппарда и МакКея (см. 414 - Harmony) и предложили какую-то информацию о возможном местонахождении Тейлы. Шеппард с командой Лорна отправился на встречу, но связной не пришел. Джон не захотел ждать и решил один вернуться на Атлантис. Когда он вышел из врат, то увидел не привычные декорации: энергии не было, никого из членов экспедиции тоже, вместо этого было очень жарко, а вокруг города простиралась огромная песчаная пустыня.

Шеппард начал вызывать хоть кого-нибудь по рации, и, в конце концов, ему ответил МакКей. Как он и просил, Джон спустился в комнату голограмм, включил проектор и увидел сильно постаревшего Родни в виде голограммы. Он-то и рассказал, что Шеппард в последнее свое путешествие прошел через червоточину, пересекшую солнечную вспышку. Из-за этого его забросило на 48000 лет в будущее. В Атлантис в этой временной линии он не вернулся и его признали погибшим. Однако дела в галактике после этого складывались так плохо, что МакКей решил вернуть Шеппарда назад. Для этого нужно было всего-то дождаться подходящей солнечной вспышки, которая состоится лет через 700-1000. Джону это время, конечно, нужно было провести в камере стазиса.

Усовершенствованная технология голограмм позволяла Родни теперь перемещаться по всему городу, поэтому он вместе с Шеппардом отправился к камерам стазиса. А по пути их ждал сюрприз: песок проник в город, и путь к камерам был отрезан. Пришлось Шеппарду пройти в другое крыло города снаружи, преодолевая песчаную бурю. По ходу выяснилось, что солнце этой системы превращается в сверхновую, и если Джон выйдет из камеры стазиса через 1000 лет, то он просто расплавится, не дойдя до врат. (Тут интересно: значит, время солнечных вспышек Родни рассчитал заранее, а что звезда умирает - не знал... вроде бы, это должно все предыдущие расчеты перечеркнуть...) Но тут Джон недолго думал и предложил воспользоваться усилившейся активностью солнца. Теперь солнечные батареи должны были получать много энергии, и ее вполне могло хватить на щит, накрывающий не только город, но и всю планету. Голограмма с идеей согласилась.

А во время решения всех проблем по пути от комнаты голограмм до камер стазиса МакКей постепенно рассказывал, как именно сложилась судьба галактики Пегас. Тейлу нашли слишком поздно: она родила ребенка и стала не нужна Майклу, поэтому он ее убил. Сам же он, действительно, смог усовершенствовать гибридов и начал полномасштабное наступление на галактику. Чума Хоффанов поразила все планеты, и 30% людей погибли. Из оставшихся Майкл выбрал самых сильных и сделал их своими гибридами - остальных уничтожил. Атлантис все это время пытался сражаться. Картер смогла добиться выделения нового корабля, Феникса, и довольно успешно пользовалась его огневой мощью до тех пор, пока героически не погибла в одном бою. Декс покинул город и организовал свой отряд сопротивления. Они тоже сражались с Майклом партизанскими методами с помощью исправно поставляемого земного оружия. Но во время одной из операций по уничтожению комплекса гибридов, Ронон погиб, работая плечом к плечу с Тоддом.

На Атлантис был назначен новый командующий - Вулси. Одним из своих первых решений он отказался от защиты галактики и приказал сосредоточиться на обороне города. Келлер и МакКей были поражены таким решением, но переубедить Вулси не смогли. Не в силах наблюдать за гибелью Пегаса, они покинули экспедицию, а через некоторое время и вообще проект Звездных врат. Совместные переживания сблизили их, и у них завязался роман. Но счастье было недолгим: у Дженнифер обнаружили лихорадку Хоффанов. Через некоторое время она умерла, а Родни решил, во что бы то ни стало, исправить эту временную линию. Он фанатично приступил к расчетам, отдалившись от всего мира. Первое время ему помогала Джинни, но потом она тоже отчаялась. Но МакКей не отступал. Через много лет ему удалось найти решение, и он вернулся в КЦЗВ. Командующим там в это время был генерал Лорн. Он не верил в успешность затеи Родни, но решил не спорить с ним и разрешил вернуться в Атлантис. Так МакКей снова оказался в городе и смог перепрограммировать голограмму в помощь Шеппарду.

Добравшись с такими шокирующими историями до камер стазиса (надо сказать, больше всего Джона поразило сближение Родни и Дженнифер), Шеппард получил от голограммы кристалл с информацией о Майкле и о том, где была найдена Тейла. Далее ему оставалось спокойно переждать в камере стазиса какую-то 1000 лет в надежде, что щиты все-таки не откажут.

Когда Джон влетел пулей через врата в Атлантис с криком "Я знаю, где Тейла!", все были дико поражены, потому что он отсутствовал 12 дней. Естественно, ему пришлось подвергнуться полномасштабной проверке, и его история подтвердилась - вспышка действительно была зафиксирована. Тогда Картер санкционировала операцию по добытому адресу. Там они действительно обнаружили комплекс Майкла с причудливой версией родильного отделения, но Тейлы пока еще не было - видимо, они прибыли слишком рано. Вместо этого Родни начал изучать информационный терминал и нашел там уйму полезной сведений об исследованиях Майкла. Будучи в восторге от найденного, он не сразу заметил часовой механизм. В качестве защиты от непрошенных гостей комплекс был оснащен устройством самоуничтожения. Атлантийцы узнали об этом за мгновение до того, как все здание взлетело на воздух...