Пока атлантийцы реализовывали свой план по уничтожению планеты репликаторов, приятелю-рейфу и Ко удалось добиться еще кое-чего, кроме уничтожения репликаторов. Перед самым взрывом планеты трем Стрелам удалось раздобыть три МНТ и доставить на корабль приятеля-рейфа. Атлантийцы заметили, что после битвы с репликаторами Рейфы разделились на отдельные группы. Кроме того, они засекли сигнал устройства подпространственного слежения, который использовал их приятель-рейф. Причем этот улей дрейфовал сам по себе в пустынной части космоса, и поблизости не было обитаемых планет. Понаблюдав день за этим ульем и не выявив никакой активности других в том районе, атлантийцы решили отправиться туда и все выяснить. Тейла тоже хотела отправиться с командой, но Джон отказался ее брать из-за беременности и из-за переживаний по поводу исчезновения ее народа.

Подлетев к улью, команда обнаружила, что улей поврежден другим ульем, на борту нет никого живого, только трупы, которыми питались. Кроме того они нашли передатчик Тодда (Шеп решает так назвать их приятеля-рейфа в честь своего приятеля из колледжа, который был очень бледным), а его самого и остального экипажа на корабле не оказалось. Поскольку Родни уверил, что немного отремонтировав корабль, его можно заставить лететь, Джон решил воспользоваться шансом и прихватить его для экспедиции. Единственная проблема в том, что им управлять может только Тейла, поэтому он вернулся в Атлантис и попросил ее полететь с ним. Во время полета на джампере Тейла объяснила Джону, почему не рассказала ему раньше о своей беременности - она сама узнала только после возвращения с доктором Келлер с Нового Атоса, и тогда для нее было трудное время. Кроме того, теперь ее угнетала мысль, что, возможно, ее ребенок будет последним из ее народа.

Тем временем, пока Родни пытался восстановить системы улья, Ронон случайно чего-то коснулся, и на дисплее отобразилась какая-то карта. Родни смог заставить невральный интерфейс взаимодействовать с главными системами и включил оружие. Еще из журнала корабля он смог узнать, куда летел улей до нападения - в журнале упоминалось о суперсекретном форпосте Рейфов, и, похоже, он сыграл ключевую роль в победе над Древними. Ронон и Родни настояли, что нужно проверить, что это за форпост. Джон же сомневался: неясно, может ли этот улей лететь - и лучше дождаться Дедала. Но Тейле удалось легко получить доступ к кораблю: при первом же контакте заработали навигация, двигатели и коммуникации. И заставить его лететь ей тоже удалось - кроме того, координаты того форпоста оказались в компьютере корабля. Джон согласился лететь к форпосту, но делать это нужно было осторожно, чтобы их не засекли.

Прилетев к планете с форпостом, они расположили улей на орбите одной из лун планеты, оставили на нем Тейлу с командой Лорна, а Джон, Родни и Ронон отправились на джампере на планету. Подлетев поближе, они заметили на орбите космические врата и другой улей, кроме того, на поверхности зафиксировали какой-то энергетический сигнал. Оказавшись на планете, они вошли в громадное строение, в котором легко заблудиться, но, как всегда, Родни же герой, сказал, что все путем, он отлично ориентируется. На что получил пинок в качестве замечания Шепа, что как же тогда его рассказ про то, что в детстве он заблудился в садовом лабиринте. Родни оправдался тем, что тогда ему было 10, и он убегал от пчелы. Немного побродив, они обнаружили спящую королеву в каком-то кресле, а в других комнатах – странные коконы. Из одного из них группа Рейфов достала новорожденного. Похоже, это место вроде фермы по разведению Рейфов. Королева выделяет генетический материал, который распределяется через всю структуру к многочисленным коконам. Но коконов слишком много, чтобы одна королева могла все оплодотворить.

Рейфы разбудили королеву и сообщили ей, что вторая партия воинов получилась безупречной, у них есть подходящий генетический образец для перехода к следующей фазе. Но теперь королеве нужно было восстановить свои силы, поэтому она послала за командиром павшего улья, который им помог, но уже бесполезен. Этим командиром оказался Тодд. Когда два рейфа пришли его забрать, появились Шеп и Ко и убили их. После чего потребовали у Тодда все рассказать об этом месте. Он подтвердил сомнения Родни насчет того, что одна королева не смогла бы сразу вывести столько воинов без искусственных способов.

Королева создает небольшое количество воинов, каждый из которых потом воспроизводится тысячи раз. Это комплекс по клонированию. Вот в чем крылся секрет победы Рейфов над Древними. Было известно, что они победили их количеством, но не было ясно, откуда их сразу столько взялось. Теперь все встало на свои места.

А во время войны с репликаторами Рейфы не использовали этот комплекс потому, что у них не было подходящего  источника питания. Но, как мы знаем, перед концом битвы Тодду удалось раздобыть несколько, и он планировал создать новую армию, чтобы уничтожить других рейфов. Но его предал один из членов экипажа и сообщил другому улью, который теперь находился на орбите. Так что теперь им достаточно было отключить МНТ для обезвреживания этого комплекса, а Тодд знал, где они находятся. Да и забрать парочку не помешало бы, они будут явно не лишними в хозяйстве. Тодд рассказал, как они раздобыли МНТ для этого комплекса во время войны с Древними. Древние были могущественными, но беспечными, и посылали свои корабли глубоко на территорию рейфов. В результате Рейфы смогли захватить три корабля с МНТ на каждом. После чего их армия быстро увеличилась в сотни раз, и они начали побеждать в войне.

Пока они шли за МНТ, рейфы обнаружили побег Тодда, завязалась перестрелка - Тодду удалось сбежать, а Родни, Джона и Ронона оглушили и отвели к королеве. Королева начала допрос Джона, пытаясь выяснить, как они нашли это место, но Джон ей сопротивлялся, что она оценила, сказав, что никогда не встречала такого сопротивления со стороны человека. Тодду же удалось похитить Стрелу и вылететь с планеты в сторону своего улья, где находились Тейла с командой Лорна. Он убедил их пустить его на борт и рассказал о случившемся на планете. Лорн хотел,  чтобы он спустил их вниз на помощь, но Тодд был убежден, что сейчас им нельзя помочь, если они вообще живы, нужно улететь, а потом вернуться незамеченными.

Тогда Тейла сказала, что есть еще один вариант. В комплексе Джон продолжал сопротивляться королеве, тогда она пригрозила питаться одним из его друзей. Ронон предложил себя, но она выбрала Родни, что несказанно его "порадовало" - наконец-то его выбрали первым, а то раньше все время не везло, а теперь судьба решила восстановить баланс. Когда королева уже занесла свою руку, чтобы впиться в Родни, она вдруг остановилась и приказала увести пленников. Это Тейла овладела разумом королевы. Тодд не мог поверить в возможность происходящего. А Тейла и королева начали общение в ее разуме. Королева угрожала Тейле, но та ответила, что сильнее ее и завладевает ее телом. Королева почувствовала, что Тейла действует не одна, и ей удалось почувствовать и ее ребенка. Сразу же королева стала грозить ребенку, стоит Тейле потерять концентрацию на секунду, и та завладела бы им. Ей будет достаточно одной мысли, чтобы уничтожить его. Тем не менее, Тейле удалось заставить королеву вывести из строя охранников и освободить Джона, Ронона и Родни, при этом вернув им оружие. Через королеву Тейла сообщила, что это она, и попросила их быстрее уходить, потому что она теряет контроль. Королева начала завладевать ей и добираться до ребенка. Тейла попросила помощи у Джона - он убил королеву.

Джон предложил взорвать МНТ и убраться оттуда, но для этого нужно было подключиться к панели управления. Пока Родни пытался найти информацию, Рейфы запустили процесс клонирования и нашли королеву. Тогда у Джона возникла другая идея. С боем они покинули комплекс. Тем временем, второй улей обнаружил корабль Тодда. Тодд хотел немедленно улететь, но Лорн настоял дождаться Шепа и Ко. Второй улей начал обстрел. А оружие и защита «нашего» улья не в полном порядке. Как только Шеп на джампере залетел на улей, Тейла попросила разрешения уйти в гиперпространство, но у Джона был другой план. Они направили улей прямо на комплекс клонирования Рейфов. Надеясь, что  им удалось его уничтожить, забрав всех на борт джампера, они вернулись на Атлантис. Тодду же дали возможность улететь на Стреле.