Врата на Атлантисе не работали уже неделю. Научная группа во главе с МакКеем и Зеленкой пытались найти и исправить проблему, но безуспешно. Военный контингент начинал скучать... И как раз в этот момент встряска и случилась: в город угодил снаряд неизвестного происхождения. Родни приступил к его изучению, и в тот самый момент, когда он нащупал программный код устройства, произошло что-то неожиданное, и компьютеры отключились. МакКей успел только заметить, что это был код репликаторов. Он сразу же побежал докладывать об этом Шеппарду, а Зеленка все время твердил, что Родни это только почудилось. Вот только Джон не успел решить, чья версия ему ближе – на связь вышел Лорн и сообщил, что в лаборатории произошел взрыв. Неизвестный снаряд был уничтожен. У МакКея начала развиваться паранойя, будто кто-то специально пытается помешать ему, но Шеппард списал это на эффект неработающих врат.

Для разрядки Джон и Ронон устроили спарринг. В результате неудачного удара Декс раскроил товарищу бровь. Пришлось вести его в медчасть. Келлер посмотрела на место удара и сообщила, что даже пластырь накладывать не нужно. Шеппард глянул в зеркало и тоже не заметил раны. Первое же подозрение пало на зонд: если его действительно послали репликаторы, то он вполне мог заразить нанитами оказавшихся на месте взрыва. Дженнифер провела сканирование, но ничего не обнаружила. Тогда Джон покрылся холодным потом, вспомнив, что подобным образом на него воздействовал ретровирус Рейфов. Он настоял на анализе крови, но Келлер снова ничего не обнаружила. Она пыталась убедить Джона, что тот просто испачкался кровь, которая уже была на полотенце. Шеппарду это объяснение не нравилось, потому что Декс все-таки видел рану.

Простой эксперимент усилил подозрения: Джон, Тейла и Ронон сделали себе небольшие надрезы на ладонях. Последним покалечили Родни. Порезы неизменно затягивались у всех подопытных. (Тут интересно было бы узнать, почему они не провели эксперимент на ком-то еще, но сценаристы решили этот вопрос умолчать.) Теперь уже не только Шеппарду было странно, что Келлер ничего не нашла. МакКей попытался найти результаты анализов в базе данных медчасти, но ничего там не нашел – вообще ничего, как будто анализы никто не проводил. Было решено все-таки пробраться в медчасть и просканироваться. Родни должен был поддержать эту операцию, следя за внутренними сенсорами, чтобы Шеппард и Тейла ни с кем не столкнулись по пути. Однако, когда он запустил программу сенсоров, оказалось, что они вообще регистрируют только 4х человек во всем городе. Расширив зону поиска, в одном из дальних отсеков Атлантиса МакКей обнаружил пятого живого. Они с Рононом немедленно отправились туда.

Результаты сканирования подтвердили худшие подозрения: тело Джона просто кишело нанитами. Но находка второй пары оказалась гораздо круче: в полумраке секретной комнаты на лабораторном столе лежала Элизабет Вейр (эх, просто трудно описать, как приятно было ее снова видеть, даже зная, что это практически в последний раз). Разбудить ее удалось, но как она попала туда, сказать она не могла. Зато могла это сделать доктор Келлер. Точнее, репликатор в ее обличии. Она объяснила, что является членом тайной фракции Асуранцев, которая стремиться к вознесению, а не слепо жаждет мести создателям, как сторонники Оберота. Для изучения того, чем люди отличаются от репликаторов, ее группа создала копии Шеппарда, МакКея, Эммаган, Декса и Вейр, наделив их точной копией сознания прототипов, снятой при сканировании во время последнего пленения. Копия Келлер уверила «атлантийцев», что сами они обычные люди с био-химической точки зрения, только созданы и усовершенствованы нанитами. Копию Атлантиса они тоже построили ради эксперимента. Ту же самую историю услышали Джон и Тейла, только из уст Лорна. Поскольку сутью эксперимента репликаторов было неведение подопытных, то теперь стало ясно, что попытка провалилась.

Все «атлантийцы» оказались за решеткой, пока мятежные репликаторы пытались решить проблемы посерьезнее. В будущем они планировали стереть память своим творениям и начать эксперимент снова. Но сейчас нужно было что-то придумать, чтобы избежать гибели: упавший в город зонд был совершенно реальным зондом репликаторов Оберота, которые нашли отступников. Нужно было бы куда-то скрыться, но все запасы энергии репликаторы исчерпали на создание копий людей. А корабль сторонников Оберота уже вышел на орбиту планеты и начал обстрел города. Мятежные репликаторы поняли, что им не спастись. Вот только их подопытные не согласились с таким решением и начали проситься на волю. Поколебавшись, РеплиКеллер отпустила их, да еще и вручила ядро системы слежения за кораблями репликаторов. Копия Атлантиса была уничтожена, видение Картер (см. ep. 408 – The Seer) сбылось. Джампер с копиями в режиме невидимости пристыковался к кораблю атаковавших и последовал вместе с ним через гиперпространство к Асурасу.

На родине репликаторов «атлантийцам» удалось угнать небольшой корабль, и они отправились на одну из планет, подконтрольных Атлантису. Дежурившая там группа вышла на связь с городом и передала слово Элизабет. Настоящие Джон и Родни были дико рады видеть ее, но она сразу же расставила все точки над i. Пообещав передать важную информацию, она попросила команду прибыть на указанную планету. (Надо бы, конечно, задуматься, с чего это Шеппард сотоварищи сразу же кинулся на встречу, даже не подумав, что это может быть ловушкой репликаторов – но сценаристы решили об этом не задумываться...)

Встреча оригиналов с копиями прошла гладко, хоть и настороженно со стороны аборигенов. Родни был даже несказанно рад возможности поработать с тем, кому он полностью доверяет – то есть с самим собой. МакКеи приступили к работе над системой слежения, основанной на ядре РеплиКеллер, а остальные разбрелись по лесу парочками, ведя философские разговоры о ценности оригиналов и копий. Настоящий Шеппард ностальгически прогуливался с копией Вейр и скорбел о настоящей: РеплиКеллер успела сообщить своим подопытным, что настоящую Элизабет репликаторы убили, потому что считали ее человеческую половину опасной – и лгать у нее не было никаких причин...

Неожиданно над планетой показался корабль репликаторов. Копии предположили, что в украденном ими судне был маяк (можно подумать, трудно догадаться, что систему слежения имела не только группа Келлер!), и больше воспользоваться им не получиться (и снова почему-то никто не решил, что это может быть ловушка репликаторов – ну, да ладно). Асуранцы заняли позицию у врат, и нужен был отвлекающий маневр, что добраться до них. Копии вызвались помочь.

Падл-джампер пролетел мимо врат, приняв огонь на себя. Репликаторы последовали за ним, но были сильно удивлены, обнаружив там копии атлантийцев. В шоке один из Асуранцев выстрелил в Шеппарда, но судьба копий осталась за кадром.

Настоящие атлантийцы вернулись в город, явно сожалея о произошедшем, а так же о новой потере Вейр и о ее настоящей судьбе. Джон приказал собрать ее вещи и отправить на Землю. А Родни тем временем заставил работать систему слежения, и экран монитора покрылся огромным количеством красных точек, изображавших корабли Репликаторов класса Авроры...