Когда экспериментальный джампер был готов к своей первой миссии, Шеппард, МакКей, Декс и Эммаган дружной толпой ввалились в палату Вейр с просьбой: самым простым способом выкрасть МНТ у Асуранцев было использование нанитов. Элизабет эта идея не слишком понравилась, но ей пообещали, что если вдруг появятся признаки ассимиляции нанитов репликаторами, МакКей сразу же их отключит и убьет Вейр (такой своеобразно успокаивающий аргумент). И Элизабет пришлось согласиться.

За главную на Атлантисе Джон оставил Тейлу, проинструктировав ее через 12 часов, если они не вернутся, довериться Зеленке. Радек пообещал, что сможет выжать из города один прыжок к приемлемой планете, и хоть энергии в МНТ после этого ни на что не хватит, можно будет эвакуироваться на джамперах. Тейла осталась не очень довольна, что ее оставляют сидеть дома, но ей пришлось смириться. МакКей, Декс, Шеппард и Вейр отправились на грабеж.

Успешно добравшись до Асураса, Атлантийцы приступили к делу. Элизабет без усилий подключилась к коллективу репликаторов и получила всю информацию о городе и его жителях. Теперь она знала, где проще всего достать МНТ, а также могла отслеживать перемещения всех репликаторов. Оставшись с Родни в джампере, она без особых проблем руководила действиями Ронона и Джона, благодаря чему они быстро обзавелись желанным источником питания. Вот только пока они вернулись в джампер, Родни обзавелся новой idée fixe. С помощью Элизабет он покопался в основном программном коде репликаторов, и обнаружил там прямую директиву нападения на Рейфов. Вот только эта подпрограмма была не активна – видимо, Древние отчего-то решили отключить ее перед уничтожением своих «деток». (Глупо как-то – всю программу они не удалили, а самую полезную подпрограмму отключили...) Конечно же, желание активировать полезную директиву посетило не только МакКея.

Оставалось только найти способ. Самый простой: дождаться следующего общего обмена данными и через Элизабет загрузить обновление программы. Но когда это произойдет – неизвестно, да Вейр тогда бы точно обнаружили. Поэтому пришлось отважиться на более сложный вариант: пробраться в зал ядра репликаторов и ввести программу непосредственно в него. Действовать нужно было быстро, потому что присутствие чужаков у ядра репликаторы должны были заметить быстро.

Родни начал с того, что преобразовал маскировку джампера в антирепликаторное поле и расширил его настолько, чтобы оно достало зала ядра. Как только это произошло, Шеппард и Декс отправились на задание, а Репликаторы мгновенно узнали о происходящем. Джон попытался начать загрузку, но ядро не распознало ноутбук, и ничего не произошло. Нужно было действовать вручную, а Асуранцы тем временем штурмовали поле, погибая один за другим, но, тем самым, определяя способ обойти разрушительную силу поля. Пока Родни дистанционно руководил действиями Джона, Репликаторы прошли через поле. (Тут отвлеченное замечание: компьютеры в Атлантисе работают, похоже, под управлением *nix-системы, потому как первой командой МакКея было «войти в корневой каталог».) Вейр сразу же почувствовала это и неожиданно покинула джампер. Сомнений не было: репликаторы ассимилировали ее. Шеппард приказал отключить наниты. Родни выполнил приказ, но ничего не произошло – похоже, выключатель был как-то заблокирован.

Тем временем Элизабет продолжала бороться. Она знала, что на расправу с атлантийцами идет сам Оберот (см. ep. 305 – Progeny), и вышла ему на встречу. Теперь ей самой был под силу главный трюк репликаторов, и она немедленно погрузила свою руку в сознание Оберота (в буквальном смысле, как мы знаем). Так она получила доступ ко всему коллективу репликаторов и немедленно заморозила их. И как раз вовремя: они уже достигли зала ядра, и только благодаря заморозке у Шеппарда и Декса появился шанс вернуться в джампер – загрузку программы Джон все-таки успел закончить.

Но Оберот не собирался сдаваться: он посмеялся над малоопытной Элизабет и легко преодолел ее власть. Репликаторы разморозились и тут же схватили всех лантийцев. Когда их всех собрали в одной камере, сразу же пришел и Оберот. Он сообщил, что после всех непривычных усилий тело и разум Вейр теперь нуждаются в ремонте, поэтому информацию о местонахождении Атлантиса придется вытащить из Шеппарда обычным способом. Вот только когда Оберот запустил пальцы в лоб Джона, ничего не произошло. В ответ на недоумение главного репликатора, Шеппард вдруг медленно превратился в Вейр под ухмылки товарищей. Элизабет сообщила, что создала видимость реальности, чтобы дать своим людям сбежать. И ей это удалось. Когда Оберот все-таки взял верх, Джон как раз подоспел на помощь Элизабет, но все Асуранцы тут же ожили, и она приказала спасаться, а сама с муками на лице сдалась во власть репликаторов.

Джампер быстро стартовал, но лишился и этой ничтожной форы, потому что МакКею еще надо было подключить МНТ, ведь собственные запасы энергии были израсходованы во время первого прыжка. Корабли репликаторов не отставали, и системы джампера одна за одной отказывали под ударами снарядов. Родни не успевал подготовить джампер к прыжку. Но тут произошло чудо: из пустоты космоса вдруг показался Аполлон. Это сработал план Картер. Она усовершенствовала радары, и через несколько десятков рутинных прыжков по маршруту Аполлон все-таки обнаружил Атлантис. А потом уже отправился на помощь команде Шеппарда. Погоня репликаторов была ликвидирована, экипаж джампера спасен. Вот только маячок Вейр для телепортации засечь на планете не удалось...

Вернувшись на Атлантис с новым МНТ, команда приступила к поиску планеты для новой стоянки – прежние варианты пришлось забыть, потому что о них знала Вейр, а значит, теперь и Асуранцы. Планету удалось найти довольно быстро и оставалось только посадить на нее город. Этим занялся Шеппард, удобно расположившись в Кресле. Не все остались довольны мягкостью посадки, но город все же обрел новое пристанище в изумрудном океане незнакомой планеты.

В финале Шеппарду оставалось лишь поздравить Картер с повышением до звания полковника, да еще раз пообещать, что он не оставит надежду спасти Элизабет. Тем временем мысли остальных атлантийцев занимала мысль, кого же Лэндри назначит приемником доктора Вейр...