Джон получил печальное известие - его отец умер от сердечного приступа. Он отправился на похороны на Землю и взял с собой напросившегося Ронона. На похоронах присутствовало довольно много людей, большинство из бомонда - оказалось, что отец Джона был довольно богатым и влиятельным человеком. Кроме того, у Джона есть брат Дейв, который, по сути, и занимался семейным бизнесом. Оба явно чувствовали себя не в своей тарелке, Джон не мог дождаться, когда можно будет уйти, а Ронон решил скоротать время, насладившись обилием бесплатной еды. Кроме того, Ронон познакомился с бывшей женой Шеппарда, довольно привлекательной особой, ныне работающей начальником отдела в Национальной Безопасности.

Позже к Джону и Ронону подошла девушка, которая явно знала, кто они такие, и представилась Эвой Диксон. Она рассказала, что раньше работала на Генри Уолласа (см. ep. 409 - Miller's Crossing). Последние три года она работала на компанию "Исследования Стентона", которая является отделением "Медицинских Технологий Девлина". Прямо из колледжа ее взял на работу гениальный ученый доктор Ричард Пул, и в последнее время они работали над секретным проектом "Прототип". В результате этого проекта с помощью программирования нанитов им удалось создать человекоподобного репликатора. По словам Эвы, она считала, что это законный проект, поскольку верила доктору Пулу, который был ей как отец. Но однажды он вернулся в панике и сказал, что им нужно выключить все системы. Позже она узнала, что на самом деле Ричард просто хотел избавиться от улик, потому что МНС расследовало действия компании. Но репликатор не согласился на отключение и, убив двоих охранников, сбежал. Она не могла все так оставить и поэтому пришла к нему (Шеппарду) - ведь репликатор уже 3 недели разгуливал на свободе, и им с доктором Пулом не удалось его выследить.

Джон и Ронон арестовали доктора Пула и телепортировались на Аполлон, где потребовали, чтобы доктор помог выследить репликатора. Пул отказался сотрудничать, но Эва предложила свою помощь. Кроме того, в помощь прибыл Бейтс, служивший в первой группе экспедиции Атлантиса, а ныне работающий в МНС, и из отпуска отозвали доктора Ли, которому больше подошло бы прозвище "Вождь краснокожих", потому что то ли он загорать не умеет, то ли не знает, что такое крем для загара. Ли попытался настроить радары Аполлона для обнаружения местонахождения репликатора. Тем временем Шеп, угрожая навредить Эве, вынудил доктора Пула все-таки помочь с поисками беглеца.

Когда область поиска была сужена до нескольких кварталов, на поимку репликатора отправилась ударная группа. На этого репликатора не действовала АРП, но если его лишить доступа к сырью для самовосстановления, то его можно будет обезвредить и обычным оружием. Доктору Пулу удалось самому добраться до репликатора на каком-то складе, для чего ему пришлось вырубить Бейтса. Он попытался уговорить репликатора сдаться, но тот не согласился и убил своего создателя. Кроме того, Пул успел рассказать, как репликатора смогли обнаружить, и так беглец смог найти способ замаскировать свой сигнал от радаров Аполлона. Шепу и Ронону все-таки удалось его выманить, но когда ему, казалось бы, некуда было деваться, он прыгнул в реку и исчез. Тупик - репликатора теперь невозможно засечь и непонятно, как его найти.

Понимая, что за всем этим должны стоять большие шишки, Шеп решил воспользоваться бывшей женой, вернее ее уровнем допуска, и попросил Нэнси попробовать покопать насчет проекта "Прототип". Выдав порцию критики и упреков касательно их бывшей совместной жизни и его постоянных отлучек на непонятные задания, бывшая женушка все-таки согласилась помочь. Тем временем доктору Ли удалось расшифровать файлы, найденные в лаборатории доктора Пула при его аресте. Согласно найденным личным делам персонала, оказалось, что Эва Диксон мертва уже почти год. Так стало понятно, что она тоже репликатор, и доктор Ли нашел в файлах две модели репликаторов: мужскую и женскую.

После раскрытия Эва тоже сбежала, замаскировав свой сигнал, как и второй репликатор. Но судя по найденной информации, они должны были быть разными моделями, он - военная, она - создана для социального взаимодействия. Джон опять встретился со своей бывшей, но найденная ей информация оказалась не очень полезна. Вот только во время своих поисков она решили покопать немного и под Джона, но практически ничего не добыла, что значило, что он занимается очень серьезными делами.

Однако в якобы бесполезной информации Нэнси доктор Ли заметил одну накладную на смонтированные кирпичные панели с указанием доставить груз на склад в Рединге. Таким шифром пользовались несколько месяцев назад для идентификации поставок нейтрониума, основного элемента, из которого сделаны наниты. Все отправились на этот склад, чтобы устроить репликатору ловушку. И он там действительно появился. Попытки Шепа и Ронона остановить его ни к чему не привели, и тогда появилась Эва. Но военный репликатор одолел и ее. Только пока он был занят дракой с Рононом, Шепу удалось всадить в него маячок, и Аполлон телепортировал его на низкую орбиту Земли. При входе в атмосферу репликатор сгорел. В награду за помощь, Эву уничтожать не стали: ее сознание поместили в специально созданную виртуальную реальность, а тело распылили.