После шторма появилась необходимость исследовать бывшие затопленными части города. Совместная группа ученых и военных под предводительством МакКея уже заканчивала свою работу, когда обнаружили, что двое ученых пропали. И тут они вышли на связь с криками, что на них кто-то напал. Вся команда кинулась им на помощь, но обнаружили они там лишь уже мертвого мужчину и женщину, бьющуюся в истерике и пытающуюся отбиться от кого-то невидимого. Через несколько секунд девушка тоже умерла. МакКей сделал вывод, что они имеют дело с каким-то вирусом, и дал Вейр рекомендацию объявить на базе карантин.

Элизабет, опасаясь, что речь идет о чуме, сразившей Древних, попросила всех не покидать тех мест, где они находятся в данный момент, и отправила Беккета к очагу инфекции (в антибактериологическом костюме, естественно). Тейлу и Джона это известие застало в гимнастическом зале за рукопашным боем. Шеппард хотел немедленно кинуться в бой, но Вейр запретила, сказав, что это медицинская проблема и он ничем не может помочь.

Тем временем Родни повел свою группу по отсекам, которые исследовали погибшие. Один из этих отсеков оказался биолабораторией Древних, и почти все пробирки там были разбиты. Неожиданно, еще один из членов группы начал видеть невидимое и через некоторое время умер. Сотрудники Беккета определили причину всех смертей: аневризма головного мозга, расположившаяся прямо над зрительными центрами, что и вызывало галлюцинации. Зеленка вычислил, что вирус распространяется носителями, заражая всех, кого они встретили на своем пути. Следующим должны стать Родни и его напарник. В это время еще один член группы, Питерсон, начал видеть призраков, но что-то у него, видимо, с головой и до того было не в порядке, поэтому он кинулся бежать из подземных (точнее, подводных) уровней наверх, к людям. Элизабет приказала заблокировать двери, но Питерсону, хоть и с трудом, удавалось их открыть.

Шеппард снова начал рваться на помощь, но Вейр приказала заблокировать дверь зала. Тогда Джон отдал Бейтсу приказ открыть дверь. Элизабет пыталась запретить ему, но он подчинился приказу. Вейр, наконец, поняла, о чем ее предупреждали О'Нилл и Самнер, и сильно надулась на Шеппарда. Джон и Тейла надели защитные костюмы и отправились на перехват Питерсона. Они догнали его, но остановить не успели. Он прыгнул в телепортатор, и, хотя Джон начал палить в него, успел переместиться в довольно людную комнату отдыха и замертво упасть в самом ее центре. Неожиданно все двери Атлантиса заблокировались. Гродин, помощник Вейр, предположил, что компьютер Древних обнаружил вирус в городе и сам ввел карантин – раньше этого не произошло, видимо, потому, что наводнение повредило соответствующие системы на нижних уровнях. Теперь Атлантис разрешает свободно перемещаться только тем, кто был в защитных костюмах.

Напарник МакКея умер, Родни тоже начал видеть призраков, но потом все исчезло, и он не скончался в намеченное время. Он начал думать, почему все умирают ровно через 6 часов после заражения, с одинаковыми аневризмами и одинаковыми видениями, и пришел к выводу, что смерти вызваны нанороботами. Микроскоп это подтвердил. Похоже, эти вирусы были созданы, чтобы убивать исключительно людей, и Родни не умер, потому что ему привили ген Древних (вот только с чего они это взяли, я не понял: никаких анализов не проводили, просто постановили и все). К сожалению, этот ген приживается только у 48% горожан, и, значит, прививка гена не является выходом.

Тогда МакКей придумал уничтожить роботов электромагнитным импульсом. Шеппард поднялся в джампере на 20 км над городом и взорвал генератор на накуада. Практически немедленно все двери города окрылись – Атлантис прекратил обнаруживать наличие вируса.

Только так и осталось неясно, кто создал этот нановирус. Это явно были не Рейфы, им ведь не нужно, чтобы люди умирали. И наши Атланты как-то сразу решили, что это были и не сами Древние...