Майор Военно-воздушных сил США, отличный пилот. На Земле был приписан к военной базе МакМардо в Антарктиде, возможно, из-за пометки о неблагонадежности в личном деле - Шеппард вопреки приказу спас двух членов своей команды в Афганистане.

Ему было поручено отвезти на базу Древних в Антарктиде генерала Джека О’Нилла, когда вертолет был атакован самонаводящимся снарядом, случайно запущенным доктором Карсоном Бекеттом. За успешное увертывание от этой штуковины Джона похвалил сам генерал. На базе Шеппард узнает, что обладает редким геном, который позволяет использовать технологии Древних. Уникальность майора в том, что в отличие от других, имеющих такой ген, Шеппард делает это естественно, без особой концентрации внимания. Из-за этого был зачислен в экспедицию в галактику Пегас по просьбе доктора Элизабет Вейр (эпизод 101 «Пробуждение. Часть 1»).

На Атлантисе Шеппард становится начальником вооруженных сил экспедиции после смерти полковника Маршалла Самнера. Во время первой миссии в галактике Пегас на планету Атос (в поисках места для эвакуации с затопляемого Атлантиса) Шеппард встречает лидера Атозианцев Тейлу Эммаган и ее народ. Здесь он узнает о Рейфах, расе, победившей Древних. Как раз в это время начинается нападение на селение. Рейфы забирают многих местных жителей, среди которых Тейла, а также Самнера. Шеппард возвращается на Атлантис с выжившими Атозианцами, что вызывает перегрузку МНТ и всплытие города на поверхность океана. Он организует спасательную миссию на корабль-улей Рейфов, во время нее он вынужден был застрелить из милосердия Самнера, из которого Рейф-Хранительница высосала жизнь. Шеппард убивает ее, что запускает процесс экстренного пробуждения всех Рейфов в галактике Пегас (эпизод 102 «Пробуждение. Часть 2»).

Команда Атлантиса оп исследованию других миров, которой он руководит, - его друзья. Это Тейла, доктор МакКей и лейтенант Форд. Правда, МакКей любит попользоваться хорошим отношением Шеппарда и загнать того в неприятности (эпизоды 105 «Подозрение», 108 «Подполье», 110 «Шторм», 116 «Братство», 206 «Троица», 212 «Прозрение»). Видя такой список, трудно сказать, почему Шеппард его еще не грохнул, а продолжает доверчиво вляпываться в очередную проблему.

Первым освоил управление падл-джампером, которому и дал такое остроумное название (падл-джампер - прыгун-в-лужу, для Шеппарда поверхность червоточины больше напоминает лужицу, чем вход в другие миры). Интуитивно умеет летать практически на всем - от земных истребителей (эпизод 202 «Злоумышленник») и вертолетов до джамперов Древних и Стрел Рейфов (эпизоды 210 «Потерянные ребята» и 211 «Улей»).

Находится в напряженных отношениях с народом Дженаев из-за того, что противодействовал их попытке завладеть Атлантисом во время шторма (эпизоды 110 «Шторм» и 111 «Глаз») и захвату МНТ на Дагане (эпизод 116 «Братство»).

Немного натянутые отношения с командующим Дедалом полковником Стивеном Колдвеллом (эпизоды 203 «Беглец», 208 «Превращение» и 213 «Критическая масса»), который считает, что Шеппард не соблюдает должную субординацию, о чем обязательно напоминает ему на борту своего корабля.

Интересны отношения Шеппарда с женщинами. Такого количества интимных отношений нет ни у одного героя. Правда, невезучий он какой-то - дамы или уже вознеслись (эпизод 114 «Убежище»), или собираются (эпизод 212 «Прозрение»), или пользуются им как трамплином, чтобы занять трон (эпизод 215 «Башня»). Лучше б на местных внимание обратил. А то с Тейлой только дерется на палках - разве тут можно роман завязать?

После отражения первой волны нападения Рейфов Шеппарду присвоено звание подполковника (эпизод 202 «Злоумышленник»).

Дважды подвергался нападению жуков Иратусов: первый раз (напрямую) жук прицепился к его шее и стал высасывать жизненные силы (эпизод 104 «38 минут»), а второй раз (косвенно) в его кровь попадает ретровирус, который начинает превращать его в некое подобие Рейфа (эпизод 208 «Превращение»). Жуки Иратус - больное место Шеппарда, он терпеть не может, когда о них даже просто упоминают в его присутствии.

Не боится высказывать собственное мнение, даже когда оно расходится с мнением начальства. Всегда вставит хоть одно слово в любом разговоре.

Очень изобретательный и находчивый человек, чем порой удивляет даже доктора МакКея (о тесте MENSA в эпизоде 116 «Братство»). Как-то не ожидал Родни, что у Шеппарда еще и мозги есть, а с тех пор, как начал подозревать это (эпизод 102 «Пробуждение. Часть 2», когда Джон мгновенно посчитал количество перестановок 6 символов адреса), никак не может поверить.

Любит американский футбол, кататься на чертовом колесе и «все, что мчится быстрее 200 миль в час».

Мирская жизнь его прельщает больше, чем духовная: сам говорит, что пока не готов к Вознесению, несмотря на то, что имел такую возможность (эпизод 212 «Прозрение»). А может, просто дама не приглянулась?

Джон Шеппард - благородный и смелый человек, однако может в нужный момент принять жесткое решение и готов пожертвовать своей жизнью ради других.