С МНТ на Атлантисе появилась возможность открыть червоточину к Земле. Вейр, Шеппард, Беккет и МакКей отправились в командный центр Звездных врат для отчетов и пересмотра личного состава экспедиции. Первым сюрпризом для Вейр стало сообщение, что генерал Лэндри не намерен снова отправлять Шеппарда на Атлантис из-за его проблем с субординацией, чтобы избежать конфликтов с новым командующим военным контингентом Атлантиса, а на это место претендует полковник Колдвелл.

Однако тут Элизабет пригрозила, что будет жаловаться Президенту, если ее лишат Джона. И вообще, Атлантису не нужен новый командующий, а если такое дело нельзя доверить майору, то уж повысить-то Шеппарда вполне можно. Так и выхлопотала Вейр для Джона звание подполковника (нужно отметить, что он был крайне горд этим фактом). Второй сюрприз ждал Элизабет дома. Она всеми силами пыталась протолкнуть своего друга Саймона Воллиса в новые члены экспедиции (как-то зарос он за год, зачуханый какой-то стал). Но Саймон отказался от предложения, сказав, что встретил новую любовь.

Шеппард тем временем посетил кузину Форда, еще раз пообещав найти его. Закончив отбор новых поселенцев Атлантиса, вся команда отправилась на Дедале в обратный путь (на Земле ведь нет второго МНТ для прохода на Атлантис через врата).

Когда Дедал уже достиг границ галактики Пегаса, неожиданно был найден погибшим один из ученых, занимавшийся компьютерными программами системы безопасности. Следящая камера загадочным образом отключилась в момент его смерти, тем временем в энергосети произошел всплеск, и ученого убило током. Родни уговорил Колдвелла выйти из гиперпространства и начал расследование причины всплеска вместе с другим ученым. Когда тому ученому удалось обнаружить что-то подозрительное, в машинном отделении вдруг прорвало какую-то трубу. Убегая от утечки, тот ученый оказался заперт в шлюзовой камере. Неожиданно камера перестала подчиняться командам с панелей управления и начала декомпрессию, ученого высосало в открытый космос.

Тем временем Эрмиоду (Асгард, служащий на Дедале) удалось обнаружить в компьютере вирус неземного происхождения. По сути, она оказалась программой искусственного интеллекта и постепенно брала под контроль все системы корабля. МакКей прогнал вирус через программу перевода и обнаружил, что он написан на языке Рейфов. (Уж не знаю, что там у Асгардов за супертехнологии перевода, но найденная программа явно была уже в машинном коде, в виде нулей и единичек, то есть – с чего бы Рейфам вместе с программой засылать и ее исходный код? – а по машинному коду нельзя определить язык, на котором программа была создана...) Похоже, Рейфы загрузили вирус во время битвы над Атлантисом, и эти два месяца программе понадобились, что достаточно распространиться по системам и активироваться при приближении к владениям Рейфов. Видимо, целью вируса был захват навигационных систем Дедала, чтобы привести корабль прямо к Рейфам. Вот только он был обнаружен раньше, чем успел захватить системы.

Пока все это выяснялось, неожиданно вирус начал передавать сигнал бедствия, призывая Рейфов. Отключить передатчик не удалось, тогда Шеппард предложил физически уничтожить его. Он в истребителе покинул Дедал и сбил антенну. А когда он захотел вернуться, оказалось, что F-302 уже не подчиняется его командам. Пришлось Эрмиоду телепортировать его, несмотря на неприязнь, которую они с Джоном почувствовали друг другу (точнее, Шеппард оказался обычным ксенофобом, а Асгарду это не понравилось).

Тем временем МакКей решил полностью отключить все системы корабля, и загрузить их снова, используя чистые резервные копии (типа как майкрософтовские форточки переустановить). Первое впечатление после реализации плана оказалось обманчивым: вирус выжил и теперь захватил управление навигацией. Он направил Дедал к ближайшей звезде. По вычислениям Эрмиода корабль должен достигнуть короны солнца, где весь экипаж погибнет от радиации. Видимо, вирус понял, что земляне могут уничтожить корабль, чтобы он не попал к Рейзам (вот только не понял: а что помешало бы им уничтожить корабль, погибая от радиации и не дожидаясь Рейзов?).

Тут Родни догадался, что вирус мог переждать отключение систем в компьютере одного из F-302. Они с Шеппардом отправились в отсек истребителей, чтобы вынуть из них блоки памяти. Вирус пытался не допустить этого, но Эрмиод телепортировал их в отсек. Вирус начал декомпрессию отсека, Эрмиод поднял энергетический щит, дав Родни и Джону время, пока вирус не захватит и эти системы. Когда вирус смог опустить щит, Шеппард с МакКеем успели спрятаться в одном из истребителей.

Второе отключение снова не сработало. Дедал продолжил свое движение к солнцу. Тут Джон понял, что они пропустили один из истребителей: тот самый, из которого Эрмиод спас его – теперь этот F-302 следовал за Дедалом, подгружая бессмертный вирус. Тогда Шеппард решил просто полететь и сбить злоумышленника.

Через некоторое время выяснилось, что Джон более искусный пилот, чем искусственный интеллект. Истребитель с вирусом был уничтожен, очередная перезагрузка систем Дедала оказалась успешной. Старые и новые члены команды Атлантиса, наконец, смогли добраться до места назначения.