Джо Флэниган родился в Лос-Анджелесе 5 января 1967 года. В возрасте шести лет он с родителями переезжает на ранчо неподалеку от Рено (Невада). Его родители, Джон и Нэнси Флэниган, и сейчас живут там. До четырнадцати лет он учился в школе-интернате в Охай (Калифорния). Здесь Джо сыграл Стэнли Ковальского в школьной постановке «Трамвая «Желание» Теннеси Уильямса. Обучаясь в Колорадском университете, он получил степень по истории, и по программе обмена ездил на год в Париж.

После окончания колледжа Флэниган успел перепробовать множество профессий - от банковского дела до политики. Но нигде не чувствовал себя комфортно. После того, как его уволили из журнала «Интервью», он стал безработным и переехал в Нью-Йорк. Его сосед, актер, убедил Джо попробовать себя в этой области. Актерскому мастерству он обучался в нью-йоркском окружном театре.

Поначалу он работал на радио. В 1994 году он впервые снимается в минисериале на NBC «Семейный альбом Даниэлы Стил». Он постоянно появляется в «Сестрах» и «Первом понедельнике».

Флэнигана приглашали играть в отдельных эпизодах в сериалах «Мерфи Браун», «Хищные птицы», «Справедливая Эми», «CSI: Майами», в нескольких сериях в «Купидоне», «Ручье Доусона», «Провиденсе» и «Профиле убийцы». Играл ведущие роли также в телевизионных фильмах «Не надо тайн» (1997), «Другая сестра» (1999).

Дебют на большом экране - в фильме «Повод для доверия» (1995).

Сейчас занят в сериале «Звездные Врата: Атлантис», где играет майора/подполковника Джона Шеппарда.

Джо написал сценарий для эпизода «Крещение» (эпизод 212) в этом сериале.

Джо Флэниган ненавидит морские путешествия, его самый большой ночной кошмар - оказаться одному в лодке. Обожает ездить на лыжах, предпочитает активный отдых - альпинизм, серфинг, прогулки на горном велосипеде и верхом.

Жена - Кэтрин, художница. У них двое сыновей. Пока Джо снимается в сериале «Звездные Врата: Атлантис», его семья живет в Ванкувере, а в перерывах переезжает в Лос-Анджелес.