Элизабет проснулась в незнакомой обстановке, в запертой комнате. На ее крики прибежали люди в белых халатах, и один из них объяснил, что она находится в психиатрической лечебнице, недалеко от Вашингтона. После автомобильной аварии, в которой погиб ее жених, Саймон, она пыталась справиться со стрессом, но подавление привело к срыву прямо на переговорах о нераспространении ядерного оружия.

Вейр не могла вспомнить ничего из этого, как не помнила и того, как и когда она вернулась из Атлантиса. Увидев недоумение от этого вопроса на лице врача, она решила, что у него просто нет допуска к секретной информации. Вейр попросила позвать в больницу генерала О'Нилла. Трудно описать эмоции Элизабет, когда Джек сообщил, что не знает ни о программе Звездных врат, ни об экспедиции в Атлантис – с Вейр он знаком исключительно по переговорам, которые она не завершила. В это время голова Джека начала деформироваться, но через мгновенье вернулась в прежнее состояние (глюк матрицы, типа). Элизабет попросила его уйти, а сама попыталась сбежать из лечебницы, что быстро было пресечено санитарами.

Врач настаивал, что история с Атлантисом – лишь плод воображения Вейр, который родило ее сознание в попытке уйти от реальности. Последние два года были прожиты только в памяти Элизабет. Она не хотела в это верить, чувствовала, что здесь что-то не так, к тому же периодически видела наблюдающую за ней размытую фигуру мужчины (лица его видно не было, но, судя по фигуре, это был Шеппард).

Но со временем, после сеанса групповой терапии, где одна из пациенток рассказывала о пришельцах со спутника Юпитера, которые охотятся за ней; а также после визита матери, Вейр постепенно начала верить доктору, и через некоторое время ее отпустили из лечебницы домой. Там ее снова навестил Джек и предложил вернуться за стол переговоров. Не долго думав, Элизабет согласилась.

А на Атлантисе в это время все неустанно наблюдали за состоянием Вейр, неожиданно впавшей в кому. Бекетт обнаружил в ее организме быстро размножающихся нанитов – видимо, Ниам (эпизод 305 "Потомки"), схватив ее за горло, успел как-бы инфицировать ее. Теперь наниты постепенно поглощали тело Элизабет, размножаясь и захватывая ее – похоже, они пытались превратить ее в репликотора. Использовать электромагнитный импульс (эпизод 113 "Горящая зона") на этот раз было нельзя, поскольку наниты оккупировали нервную систему Вейр, и их смерть была бы одновременной со смертью Элизабет. Пока Карсон продолжал поиски методов борьбы, Джон пытался разговаривать с Элизабет, призывая ее бороться. Именно в эти моменты неясные образы появлялись вокруг Вейр в ее мире. По высокой активности мозга Бекетт сделал предположение, что она должна как минимум слышать, когда с ней говорят. Хотя больше показания напоминали обычные для здорового человека.

Однажды ночью Элизабет снова увидела темную фигуру и пошла за ней. Неизвестный исчез, но когда Вейр открыла дверцу шкафа, то увидела за ней горизонт событий Звездных врат. Она хотела пройти через него, но тут откуда-то в ее доме появились санитары, и Вейр снова оказалась в лечебнице – ей объяснили, что у нее снова был срыв и придется продолжить лечение в стационаре.

В это время Бекетту пришла в голову гениальная идея. Раз уж наниты были созданы для борьбы с Рейфами, он решил и отвлечь их Рейфами от Элизабет. Введя Вейр в ногу кусочек ткани Рейфов, Карсон и Родни приготовились инициировать ЭМ-импульс, когда наниты кинуться уничтожать вражеские клетки. Все прошло успешно, и наниты действительно были уничтожены. Но оказалось, что несколько все же остались в мозге Элизабет и начали чрезвычайно быстро размножаться снова. (Дальше вдруг с чего-то все решили, что Вейр сама может победить нанитов, только ей нужно бороться. Родни, конечно, сделал язвительное замечание, что у нее роботы в мозге и просто усилием воли их не уничтожишь, но это быстро замяли, предложив историю о том, что нанитам нужно сломить волю Элизабет, чтобы захватить ее тело. Честно сказать, логики я тут не вижу: какая нанитам разница, согласные на уничтожение клетки поглощать или несогласные?)

Джон нарушил карантин, взял Элизабет за руку и начал уговаривать ее дать отпор нанитам. Видимо, контроль нанитов в это время действительно ослаб, поэтому Вейр в вымышленной реальности смогла сбежать от врачей и санитаров. Она села в лифт, спустилась и, когда двери открылись, увидела перед собой коридоры Шайенского комплекса. Вооруженные пехотинцы пытались остановить ее, но тут впереди появился Джон – Элизабет услышала из уст его образа как раз те слова, что он говорил в реальности, стоя над ее кроватью: о нанитах, которые пытаются захватить ее, и о том, что она должна бороться.

Одновременно в противоположном конце коридора появился Джек и попытался снова убедить Элизабет, что ее мозг нездоров, и ей нужно вернуться к Лечению. Вейр выбрала Шеппарда. Она побежала за ним по коридорам по направлению к залу врат. Пехотинцы нещадно палили по ней, но пули не достигали своих целей. Когда Элизабет оказалась перед вратами, дорогу ей преградил О’Нилл. Она сходу сообщила ему, что он не Джек, и он так же быстро превратился во врача, лечившего Элизабет. Вейр сказала, что собирается пройти через врата, в которые он, якобы, не верил. Тогда психиатр невозмутимо превратился в Ниама, не желающего отпускать Элизабет. Но Вейр не стала его слушать, шагнула вперед, и, пройдя прямо сквозь него, переступила горизонт событий. В то же мгновенье Элизабет очнулась в медчасти Атлантиса.

Когда Бекетт окончательно убедился, что наниты покинули тело Вейр, а на Шеппарда перекинуться не успели, оба они вернулись к работе. Только Элизабет попросила Джона не острить на тему «реальности» окружающего мира...